De Clusiustuin in de Hortus Botanicus, Leiden
Als eerste prefect van de botanische tuin van de Leidse universiteit was hij verantwoordelijk voor het aanplanten van alle mogelijke gewassen, dus niet van uitsluitend geneeskrachtige planten, zoals toen gebruikelijk was in universitaire plantentuinen.
Hij stond aan de wieg van een nieuwe ontwikkeling in de relatie tussen mens en natuur. Vóór zijn tijd was het in het Westen gebruikelijk de natuur voornamelijk te beschouwen vanuit het gezichtspunt van het nut voor de mens. Clusius was één van de eersten met een wetenschappelijke belangstelling voor de botanie.
In de reconstructie van Clusius' tuin in de Hortus is duidelijk te zien dat Clusius niet alleen een plantkundige, maar ook een tuinier in hart en nieren was. Hij liet zijn plantenverzameling zò in de tuin zetten, dat de planten het best tot hun recht kwamen. We weten ook dat de Leidse Hortus niet de enige tuin was waar hij zich met de beplanting bezighield: hij was lange tijd directeur van de plantentuin in Wenen van Keizer Maximiliaan II van Oostenrijk en ontwierp tuinen voor een aantal van zijn vrienden.